Travaillant dans le monde scientifique, je suis quotidiennement amené à lire des articles techniques de différentes sources, abordant différents domaines des sciences. Comme vous le savez peut-être, de nos jours, les articles scientifiques que l’on peut trouver sur le réseau sont essentiellement en PDF… Bien qu’il existe des programmes spécifiques pour gérer votre bibliographie (e.g. : Papers, …) et qui permettent notamment de tagger les PDF, de les référencer, … mais ne permettent pas d’y effectuer des annotations!
Sous Windows (qui a dit « bouuuuuuuuh » ? 
), pour placer des annotations dans un PDF j’utilisais le logiciel de Foxit. Malheureusement, il n’en existe pas de version pour Mac OS. J’étais donc bien ennuyé jusqu’à ce que je découvre qu’Aperçu pouvait faire ce que je voulais… Et en plus, de manière très simple!
Une fois votre document ouvert avec Aperçu, allez dans le menu Outils > Marquer > Annoter. L’option Marquer vous permet de mettre en évidence, de barrer ou de souligner du texte sélectionné dans un document PDF. L’option Annoter vous permet d’entourer de cercles ou de rectangles des parties d’un document PDF, d’inclure des commentaires sous forme de « papillons » et d’ajouter des liens hypertextes.
Pour utiliser l’option Marquer, cliquez sur l’outil Texte dans la barre d’outils de Preview. Sélectionnez le texte cible avec le pointeur, puis cliquez sur une option de marquage dans le menu Outils.
Si vous avez cliqué sur Ajouter un commentaire, il vous suffit de cliquer n’importe où dans le document PDF. Un repère de couleur apparaît dans la marge de gauche à côté de l’endroit où vous avez cliqué. Son texte par défaut est composé de votre nom d’utilisateur et de la date, mais vous êtes libre de le modifier ou de le compléter en double-cliquant sur le commentaire. Pour déplacer des commentaires, double-cliquez sur leurs icônes (ces petites bulles style BD) et faites-les glisser. Lorsque vous double-cliquez sur l’icône d’un commentaire, vous pouvez aussi préciser la couleur et les autres attributs du commentaire. Pour supprimer un commentaire, double-cliquez sur son icône et appuyez sur Supprimer.
Source : Apple
Dans la partie inférieure de palette d’ajustement qui apparaît il y a deux contrôleurs permettant d’ajuster le niveau de noir et de blanc. Inversez la position des curseurs et vous aurez le négatif de votre image.